Комплексний аналіз народногосподарського використання території, яка передбачається для організації природного національного парку, показав, що використання природних багатств цього регіону надмірно інтенсивне, нерегульоване і неефективне. Специфікою створення цього парку е включення в його межі значних територій з високою господарською освоєністю, що не відповідає вимогам національного парку. Зокрема, її сільськогосподарська освоєність досягає 77,4%, /родючість - 66%/, території порушених земель досягають 1039 га, кар'єрів - 691,8 га; забудованих - 9,8 тис.га.
     Вся господарська зона складає 70% територій, що відведені під національний Значної шкоди унікальним ландшафтам завдають надмірні антропогенні навантаження - наслідок інтенсифікації сільськогосподарського виробництва, розвитку урбанізаційних процесів тощо. Найбільшої шкоди екологічній безпеці регіону завдає розвиток гірничо - добувної і переробної промисловості, пов'язаної з розробкою великих запасів найчистіших по хімічному складу вапняків. Вони до останнього часу задовольняють потреби у сировині двох третин цукрових заводів України. Проте використовуються вап­няки неефективно. Лише половина їх іде на потреби промисловості, а решта - у відвали, обсяг яких досягає 48 млн.т. Отже процес природокористування в регіоні досить активний, в результаті чого знищуються і забруднюються обширні території мальовничих товтр та лікувальні джерела мінеральних вод, різко збіднюються види тваринного і рослинного світу, порушуються кліматичні умови і т. ін. Внаслідок цього такі функції ландшафтних комплексів як ресурсозберігаючі, інформаційні, естетичні та інші у значній мірі зруйновані - питома вага антропогенно-незмінних ландшафтів становить лише 21%. Це призводить до деградації природного середовища: Подільські товтри стали зоною екологічного ризику. Сьогодні цей своєрідний музей природи, резерват генофонду рослин і тварин, багатий своєю історією та культурою, потребує охорони, збереження і відновлення.
     Необхідно зупинити деградацію довкілля, орієнтуючись на гуманістичний принцип пріоритетності збереження відтворюючих природне середовище ландшафтів. З метою відновлення екологічної рівноваги в регіоні, потрібно створити умови для відтворення природних комплексів шляхом обмеження господарської діяльності в межах парку та проведення природоохоронних заходів.
     В межах парку передбачається виконати наступні відновлювальні роботи:
          А. Відновлення лісової рослинності.
     1.Облисіння лісопридатних площ - 32290 га
     2.Створення природних територій в агроландшафтах - 5900 га
     3.Розвиток полезахисних насаджень - 6342 га
     4.Організація санітарно-захисних зон - 860 га
     5.Рекультивація порушених земель - 1039 га
     Разом 46431 га
          Б. Розвиток природних луків і пасовищ.
     1.Залуження схилових малопродуктивних земель - 13839 га
     2.Створення природних територій в агроландшафтах - 5900 га
     3.Організація санітарно-захисних зон - 860 га
     4.Організація буферних зон і об'єктів
      природно-заповідного фонду - 127 га
     5.Відновлвння природної трав'янистої
      рослинності навколо незалісених товтрових
      утворень - 787 га
     6.Організація пасовищ для випасання
      худоби місцевого населення - 16800 га
     Разом 38313 га
     Оскільки на сучасному етапі в межах парку територій, що суворо охороняються нема, передбачається першочергове створення заповідної зони як на базі існуючої мережі територій і об'єктів природно-заповідного фонду, так і інших найбільш цінних і унікаль­них природно-територіальних комплексів.
     В Кам'янець-Подільському районі: "Циківський ландшафтний заказник державного значення, "Устянський", Наддністрянський, "Старо-Ушицький", "Товтра Вербецька" ботанічні заказники місцевого значен­ня; геологічна пам'ятка природи загальнодержавного значення "Китайгородське відслонення", геологічні пам'ятки природи місцевого значення - "Розріз цвіклівської свити", "Розріз тернавської свити", "Розріз гринчукської підсвити", "Розріз гораївської свити", "Голова витязя", "Розріз баговицької свити" /Мукшинська та Устівська підсвита/, “Розріз канилівської свити”, Скеля-останець "Голова велетня».
     В Чемеровецькому районі: "Сорочинські товтри", ландшафтний заказник місцевого значення "Сокіл" та товтри “Садова” та “Деренова”; ботанічна пам'ятка природи загально­державного значення товтра “Самовита"; геологічна пам'ятка природи місцевого значення товтра “Першак” з печерою.
     Території, що резервуються для наступного заповідання:
     Подільський ландшафтний заказник місцевого значення, урочище "Фридрівці" лісовий заказник місцевого значення, "Маківський" та “Суржинецький” ботанічні заказники місцевого значення. Площі територій цих об'єктів, що вилучаються і надаються у постійне користування Подільському Національному парку подані в таблиці 5.20.


     З метою прискорення організації парку, на першу чергу ВО “Хмельницькліс” передає в постійне користування 3015 гектарів земель зі всіма природними об'єктами, які знаходяться на території Кам'янець - Подільського держлісгоспу, в тому числі:
     по Подільському лісництву

     В межах господарської зони відбуватиметься поступове врегулювання використання природних багатств відповідно до статусу, якого набудуть ці території, що дозволить повністю вирішити еколого-економічні проблеми та забезпечити населення і відвідувачів парку екологічно чистими продуктами харчування. Заходи по обмеженню господарської діяльності в межах досліджуваного регіону включають, крім переліченого вище наступні:

Припинення дії екологічно небезпечних виробництв, що руйнують та забруднюють джерела мінеральної води та її лікувальні властивості.

Впровадження нових технологій та екологічно чистих процесів виробництва.

Освоєння техногенних родовищ вапняків /відвалів/ та рекульти­вація порушених кар'єрами земель - лісовий напрямок.

Переоцінка діючих кар'єрів: поступове обмеження та згортання їх діяльності; термінове закриття кар'єрів в районах дислокації мінеральних лікувальних джерел /зокрема Сатанівський курорт/.

3 метою недопущення критичної екологічної ситуації при видобутку вапняку на товтрах рекомендувати розробку Генеральної схеми комплексного використання сировинних ресурсів.

Збереження і відновлення лісових масивів; доведення об'ємів лісовідновлювальних робіт до такого рівня, щоб підвищити лісистість з 15,2% до 33,5%. Припинення рубок головного користування.

Визначення правового режиму території у відповідності до її функціонально-планувальної організації.

Зміна цільового використання земель в бік природоохоронного і рекреаційного значення: суттєве зниження рівня сільськогосподарсь­кої освоєності до 59,5%, розораності - до 42,7%.

У зв'язку із зміною сільськогосподарської структури землекористування, в т.ч. суттєвим скороченням площі орних земель перед­бачається зміна спеціалізації сільськогосподарського виробництва. При цьому в межах парку доцільно розвивати тваринницький напрямок з використанням природних кормових угідь, доля яких в структурі агроландшафтів збільшується з 22,1 % до 36,6 %.

В рослинницькій галузі необхідно здійснити перехід до технологій, які базуються на природних факторах відтворення родючості ґрунтів, застосування органічних добрив, захисту рослинності, що культивується від бур’янів, шкідників і хвороб. Застосування біологічних методів ведення землеробства дасть можливість вирощувати екологічно чисту продукцію та одночасно захистити від забруднення джерела мінеральних вод.