Територія парку, що проектується, багата водними ресурсами. Водні ресурси тут представлені річками, водосховищами, ставками та підземними водами. Основна частина водних ресурсів зосереджена в річкових системах. Річки перетинають Товтровий кряж в меридіональному напрямку а півночі на південь. До них відносяться сім значних притоків Дністра - Збруч, Жванчик, Смотрич, Тернава, Студениця, Ушиця і Калюс. Витоки р.Жванчик знаходяться в межах парку, інші річки беруть овій початок на території області. Порівняно з карпат­ськими притоками, вони відіграють другорядну роль у формуванні стоку Дністра і відносяться до типу рівнинних річок із змішаним живлен­ням, в якому найбільша доля належить ґрунтовим водам, а снігове живлення переважає над дощовим.
     Особливістю цього регіону є те, що русло Дністра тут досить глибоко (на 180-200 м) врізається у поверхню Придністров'я. Це зумовило і відповідний вріз усіх лівих приток Дністра, які теж виробили глибокі, часто каньйоноподібні долини і розчленували рельєф на окремі, розміщені меридіально, пасма. Більшість річок Поділля беруть початок з ґрунтових вод середнього і нижнього сармату. В балках з обривистими берегами, де на поверхню виходять гео­логічні породи, витікають джерела з більш глибоких горизонтів вод. В межах Подільського плато є кілька водоносних горизонтів, що залягають в різних геологічних напластуваннях. Найближчий до по­верхні горизонт залягає в середньосарматських відкладах, а в пів­денно-західній частині, де цих відкладів немає, - нижньосарматських. Ґрунтові води, що залягають на невеликій глибині від поверх­ні поширені в Придністров'ї, де часто ґрунтоутворюючі породи (лесовидні суглинки) мають невелику товщу, а під ними залягають сармат­ські глини, що затримують воду близько від поверхні, внаслідок чо­го проходить процес заболоченості. Часто в таких місцях є джерела. При заляганні глин трохи глибше від поверхні, процеси заболоченості виражаються менш інтенсивно. На дренованій території ґрунтові води залягають глибоко. Хімічний склад вод в цьому районі характеризуєть­ся високим вмістом карбонатів кальцію ("жорсткі води").
     Товтровий кряж являється вододілом між басейнами Дністра, Прип'яті та Південного Бугу. Річки течуть у глибоких каньйоноподібних долинах, береги їх обривисті, часто круті з відшаруванням вапняків. Перепад висот території досить значний, тому течія води швидка, але коливається в великих межах від 0,2 до 0,8 м/сек.
     Долини річок не широкі, межі їх різко коливаються від кількох десятків метрів - до 1,5 км. За своїм режимом річки відносяться переважно до змішаного живлення, яке відбувається за рахунок атмосферних опадів і джерельних вод. Легкопроникні породи та значна закарстованість території сприяють посиленій інфільтрації атмосферних опадів і перевазі частки підземного живлення над ін­шими джерелами. Переважання снігового живлення, над дощовим зумовлене тим, що дощі, які випали в теплий період (2/3 річної суми опадів) більшою частиною витрачаються на просочування та випаровування.
     Рівневий режим річок регіону характеризується вираженою весняною повінню, низькою літньою меженню, яка порушується дощовими наводками і дещо підвищеним рівнем восени і зимою. Паводки бувають під час сніготаяння та зливових дощів. Цей природний режим рівнів води на річках регулюється впливом водосховищ і ставків, які розміщені як в руслах річок, так і на території їх басейнів.
     Під час весняної повені рівень води досягає найбільшого значення при льодоході і після його закінчення. Середня інтенсивність підняття рівня становить 10-20 см/добу, а максимальна - 1,2-1,5 м/добу.
     Літня межень, яка починається після весняної повені часто порушується літніми паводками. Осінні повені менш значні в порівнянні з літніми. Норма річного стоку змінюється по території досить плавно, зменшуючись від 8-9л/сек. з 1 кв.км на заході, до 2,0 л/сек з 1 кв.км на сході Товтрового кряжу.
     Внутрірічний розподіл стоку характеризується такими величинами: весною стікає біля 40 % річного об'єму, в літньо-осінній сезон - 30-40%, взимку - 10-20 % річного стоку. Коефіцієнт варіації річного стоку, який характеризує його мінливість, коливається в межах від 0,25 до 0,40. Максимальні витрати води на річках ре­гіону формуються як під час весняної повені, так і літніми зливови­ми дощами. Величини максимальних витрат води, які утворюються під час весняної повені (до 480 л/сек з 1 кв.км), перевищують дощові максимуми. Мінімальні витрати води на річках спостерігаються з однаковою вірогідністю як в літній, так і зимовий сезони. Для них характерне нетривале стояння, яке, як правило не перевищує однієї доби. Величина цих витрат змінюється від 0,03 до 0,35 л/сек з 1 кв.км.
     Водні ресурси регіону представлені в основному стоком річкових вод. Річний об'єм стоку становить понад 0,523 куб.км.(для р.Збруч - 0,298 куб.км; р. Жванчик - 0,053 куб.км.; р. Смотрич - 0,151 куб.км.; р. Мукша - 0,091 куб.км).
     Площа басейнів річок коливається в дуже великих межах від 31 квадратного кілометра (р. Суржа) до 3330 квадратного кілометра (р.Збруч).
     Водні ресурси здавна використовувалися для різних народно­господарських потреб, однак планомірне їх використання набуло широкого розмаху в останні десятиліття. За цей час було побудовано і введено в експлуатацію багато ставків-водосховищ, десятки малих гідроелектростанцій. Більшість річок не забруднені і води їх ви­користовуються для водопостачання, риборозведення та інших про­мислових потреб. Основними водокористувачами є: промисловість, сільське та житлово-комунальне господарство, гідроенергетика. В басейнах річок Збруч, Жванчик, Смотрич щорічно використовується для різних галузей народного господарства 46 млн. куб. м. води. Із них у басейні р. Збруч використовується 28 млн. куб. м. води (в т.ч. для потреб тваринництва та зрошення - 1,35 тис. га сільськогосподарських угідь, для рибництва - 12 млн. м3.), р. Жванчик - біля 5 млн. куб.м. (в т.ч. для потреб сільського господарства щорічно використовується понад 4 млн. куб.м., для промисловості і комунального госпсдарства - 872 тис. куб.м. води), р. Смотрич - понад 22 млн. куб.м. (в т.ч. для сільсько­господарських потреб - понад 10 млн. куб.м., для рибництва - 8, для промисловості і комунальних потреб - 3,7 млн. куб.м. води). Це відпо­відно становить 9,1, 9,3 і 8,8 процентів запасів водних ресурсів цих басейнів.
     Гідрохімічний режим та санітарний стан воднях ресурсів регіону формується як під впливом природних факторів, так і зумовлений стічними водами користувачів. У останній час трапляються випадки забруднення водних басейнів відходами підприємств промисловості, комунального господарства, тваринницькими комплексами. Часто спостерігається інтенсивне замулювання річок, внаслідок розвитку ерозійних процесів та розорювання берегів до самого урізу води.
     Річки навіть при мінімальних матеріальних затратах, при умові екологічної безпеки з боку підприємств та населення, спроможні 83 короткий період оздоровитися, відновити свої ресурси. Заходи щодо оздоровлення річок: розробка і затвердження екологічних паспортів річок (де це потрібно), що передбачають чітке визначен­ня меж водоохоронних прибережних зон і смуг з забороною в їх ме­жах безпідставних оранок, меліоративних робіт, стоків і відстойників виробництв, захаращеності, забезпечення ремонтно-будівельних робіт старих і спорудження нових протиерозійних гідротехнічних об'єктів, влаштування благоустрою всіх джерел на берегах, здійсне­ння очистки русел річки.
     Характеристика гідрографічної мережі досліджуваної території подана в таблиці.

Таблиця

РІЧКИ ТА ВОДОЙМИЩА ПОДІЛЬСЬКОГО
ДЕРЖАВНОГО НАЦІОНАЛЬНОГО ПРИРОДНОГО ПАРКУ"ТОВТРИ"

ВОДОСХОВИЩА

     На території, що проектується під природний парк, а також поблизу неї на річках Случ, Ішиця, Смотрич, Жванчик та інших - зустрічаються пороги, водоспади і перекати. Так, річка Случ, в середній своїй течії, врізається в кристалічні породи і, набуваючи гірського характеру, утворює ряд водоспадів і порогів. Один із водоспадів на річці Смотрич, поблизу села Кунин Городоцького району, за 50-60 метрів нижче старого мосту (місцева назва "Турецький"). Річка, розширюючись до 30 метрів, падає вниз з гранітного кам'яного уступу півтораметрової висоти. Шум цього водоспаду чути за 500 метрів. Навіть в Криму і Карпатах немає такого широкого і повноводного водоспаду. На території самого парку вони зустрічаються у пониззі річки Жванчик, а також у місті-заповіднику Кам'янці-Подільському біля мосту, який з'єднує Нове і Старе місто, безіменний струмок падає вниз з двадцятиметрової висоти,  прикрашаючи високі скелі Смотрича. Вражає красою водоспад з гротом на території Маліївецького парку (ХV ст.) Дунаєвецького району. Тут невелика річка із кам'яної скелі падає вниз з восьмиметрової висоти, далі річечка швидкою течією несе свої води в Ушицю.
     Усі водоспади - великі і малі - мають велике естетичне, пізнавальне та наукове значення і потребують дбайливої охорони. Зони можуть бути включені в туристські маршрути та екскурсії.
     Досліджуваний район володіє запасами мінеральних вод. Найбільш перспективними з них є мінеральні води гідрокарбонатно-натрієво-кальцієво-магнієвого типу (Збручанське родовище). За своїм окладом і лікувальними властивостями ця мінеральна вода досить близька до мінеральної води типу "Нафтуся". Дослідженнями підтверджено можливість її використання для лікувальних потреб, особливо при лікуванні сечокам'яних хвороб.
     У Кам'янець-Подільському виявлено мінеральну воду гідрокарбонатно-сульфатно-кальцієво-магнієвого типу. Використовують цю мінеральну воду для лікування серцево-судинної та нервової систем, з також інших хвороб, що пов'язані з рухом - таких, як остеохондроз.